Farklı konudaki değişik bilgi ve fikirleri, deliller ile kontrol ederek o konu hakkında sağlıklı karar vermektir. Her ilim dalının öğrenilmesinin (ister dinî ister fennî ilimler olsun) usulleri ve kuralları vardır. Tefsir usulü, hadis usulü vs. Bu usulleri bilmeden, o ilim dalı hakkında doğru ve sağlıklı karar vermek mümkün değildir. Mesel, tefsir usulünü bilmeden yapılacak tefsir çalışmaları, ancak avama hitap eder, ilim dünyasında bu tefsirin fazla değeri olmaz. Bediüzzaman, Kur’an ve Risâlelerin daha iyi anlaşılması için çok sayıda ilmî kuralları içeren Muhâkemat adlı usul kitabını yazmıştır. Bu kitap üç bölümden meydana gelmiştir. Birinci makaledeki kuralları bilmeyen hakikate tam ulaşamaz. İkinci makaledeki kuralları bilmeyen belâgatli bir söz ile avamın sözlerini birbirinden tam ayıramaz. Üçüncü makaledeki kuralları hakkıyla bilmeyen ve uygulamayan tam sağlıklı, mükemmel bir imana sahip olamaz. Onun için Bediüzzaman, bu bölümlere Hakikat, Belagat ve Akaid isimlerini vermiştir. Risâle i Nur’da hakikat, aşırılıklardan uzaklaşıp orta yolda yani sırat-ı müstakimde bulunmak demektir.   

Bediüzzaman, insanın, Allah’ı tam tanıması ve sağlıklı bir ilim elde etmesi için hür bir zeminde dil, usul ilmi ve fenleri bilmesinin çok önemli olduğunu söyler. Onun için din ilimleri ile fen ilimlerinin birlikte verilmesini önerir. Tıp ilmi Allah’ın şâfi ismi olduğu gibi bütün fenler Allah’ın gerçek birer isimleridir. “… şuur-u insanî vasıtasıyla keşfolunan yüzer fenlerden her bir fen, Hakem isminin, bir nevide bir cilvesini tarif ediyor.” Meselâ Tıb Fenni Allah’ın şâfi isminin cilvesidir.    

İslam’ın asıl amacı insanı hayvanlıktan çıkarıp yeryüzüne birer halife yapmaktır. İnsanın biyolojik boyutuna beşer; mücerret(soyut) ve müşahhas(somut) boyutları algılama seviyesine geldiği zamanki boyutuna ise insan denir. İnsan, ilimle terakki ederek yükselen varlık demektir. Allah, Âdem’in, insan-ı kâmil olup diğer varlıklardan üstün olduğunu göstermesi için ona dilleri ve eşyânın isimlerini öğretti. Eşyânın isimlerini bilmek mâhiyetlerini anlamakla, yani fenleri bilmekle olur. Allah, sonsuz, mücerret(soyut) bir varlıktır. Allah’ın sonsuzluğu insanda hürriyet olarak yansır. Hürriyetin olmadığı yerlerde gerçek manada ilim de olmaz. Bizim asıl görevimiz, hür bir zeminde dilleri ve fenleri öğrenerek yeryüzünün halifesi olduğumuzu göstermemizdir.

Bediüzzaman, bu eserlerin tam anlaşılması için, bize hâşiye ve şerhler yazmamızı öneriyor. Muhâkemat yazılalı yüz yılı geçti, hâlâ bu değerli eser üzerinde birkaç çalışma dışında geniş ve derinlik içeren bir çalışma yapılamamıştır. Muhâkemat,  eserlerin içindeki özü bize gösterir. “Lübbü bulmayan, kışır ile meşgul olur. Hakikatı tanımayan hayalâta sapar.”, “Takarrur etmiş usûldendir: Akıl ve nakil taâruz ettikleri vakitte, akıl asıl itibar ve nakil tevil olunur. Fakat o akıl, akıl olsa gerektir.” der. Yani o akıl hür bir zeminde karar verecek, usul, matematik ve fen bilimleri ile donanımlı akıl olmalı der. Nakil dediğimiz şeyler Allah’ın âyetleri ve dinin temel kurallarıdır. Fenler de Allah’ın dinler de Allah’ındır. Bunun için akıl ile nakilde gerçekten bir çatışma olmaz. Dil, usul ilmi ve fenler bilinmezse  zâhiren çatışma varmış gibi görünür. İşte Muhakemat’ı anlamak bizi bu yanlışları yapmaktan korur.