Bediüzzaman, felsefeyi Kur’ân’la barışık olan felsefe ve Kur’ân’la barışık olmayan felsefe diye ikiye ayırır.
Kızıl İcaz’da ise kişilerin kabiliyetlerine göre felsefe ile ilgilenmemin hükümlerini açıklar, farzdan harama kadar anlayışlara göre hükümler verir; yani aslana et, ata ot vermenin yolunu anlatır. Burada Kur’ân’la barışık olan felsefeden bahsedeceğiz.
Hikmet kelimesi felsefe ve fen bilimleri manasında kullanıldı. İlmî gelişmelerin merkezi Mezopotamya olmakla beraber zaman içinde Mısır, Çin de ilim merkezi oldu. 16. yy’dan sonra bu merkez Avrupa’ya kaydı. İlmî gelişmeler Milattan 300 yıl öncesine kadar mitolojiler olarak devam etti ve bu tarihte felsefe dönemi başladı, Avrupa’da 17. yy’da bilim ve felsefe tamamen birbirinden ayrıldı. Aydınlanma dediğimiz dönemde bilim, teknolojiye dönüşerek insanlık büyük ilerleme kaydetti. Bizde tam olarak bilim ile felsefe birbirinden ayrılmış değildir, bazıları skolastik dönem Aristo felsefesini bilim olarak kabul ediyor.
Avrupa, felsefeden bilime geçerken çok sancılı dönemler yaşadı ve pek çok bilim adamı hayatını kaybetti. Din ve bilim devamlı ilerlemeden yanadır. Maalesef Ortaçağda skolastik dönemde eğitim kilisenin kontrolündeydi ve Aristo felsefesinin tümü doğru olarak kabul ediliyordu. “Aristo’nun düşüncesi yanlış” diyenler dinden çıkmış sayılıyordu. Doğru yorumlanmayan dini metinler Aristo felsefesi olarak görülüyordu. Şimdi felsefe ile uğraşanların çoğu, 700 yılında Yunancadan Arapçaya çevrilen bu felsefe metinleri üzerinde yorum yapmakla meşguller.
İlmî gelişmenin basamakları vardır ve sıra ile çıkılmalıdır. İlim düşünme ve felsefe ile başlar, deneysel eğitimle devam eder. Felsefenin yeri ayrı, fenlerin yeri ayrıdır. Felsefe ve fenler birbirini izlemeli, düşünce ve yorum yapma kabiliyetleri gelişmelidir. Elmalılı H. Yazır, Kur’an’a tefsir yazdığında, Kur’an’ın daha iyi anlaşılması için Fransız filozofların yazdığı felsefe tarihi kitabının metafizik bölümünü Türkçeye tercüme etti. Din eğitiminde, Kur’an’la barışık felsefe eğitimi vermeden dinî gelişmelerde başarılı olunmaz. Çünkü yorum yapma kabiliyetleri gelişmez. Bediüzzaman, bunun için Muhakemat adlı bir usul (metodoloji) kitabı yazdı.
İslam’ın ilk yıllarında bilim, felsefe yolu ile yayıldı. O zamanın felsefesi hurafeler ile dolu idi. İslam âlimlerinin çoğu ‘Felsefe ile uğraşmak haramdır’ diyerek felsefe ile meşgul olmadılar. İbni Sina ve Farabi gibi İslam düşünürleri Yunan felsefesinin tamamını doğru kabul ederek İslam ile uyuşmayan kısımları tevil ettiler, onun için bazı din adamlarınca kâfir olarak kabul edildiler. Bediüzzaman ise o zamanki Yunan felsefesinin az bir kısmının doğru, çoğunun hurafelerle dolu olduğunu söylüyor.