Orta Asya’dan gelen Budizm bölgede etkili olmuş ve İpek Yolu’nun gittiği güzergâh boyunca, Han döneminde Sincan üzerinden Çin’in diğer bölgelerine girip mevcut dinleri etkilemişti. Han hanedanlığının sonunda, Sincan’daki Çin Hanlıları’nın etkisi de yavaş yavaş kaybolmuştu. Sincan’da 7. ve 8. yüzyıllarda görülen Hint, Fars, Yakın Doğu ve Tibet etkilerinden dolayı Zerdüştlük, Maniheizm, Nestorianizm ve Budizm gelişme kaydetmişti. Bu dinî unsurlar Tibet’in M.S. 670’lerde Sincan’ın işgalinden sonra, Tibet’e de taşınmış ve Lamaistik Budizm’in şekillenmesini sağlamıştır.

Tang döneminde (618-906) Sincan’daki siyasî durum İç Asya’nın kuzey bozkırlarından ve Sibirya ormanlarından güneye giden Uygur, Karluk, Kırgız vd. Türk boylarının göç hareketleri ile değişikliğe uğramaya başladı. Bölgeye hâkimiyet kurmak için göç eden Türk boyları ile Çin-Tibetliler arasında rekabette başlamış oldu. Yine Sincan’a göç eden Uygurlar arasında da Maniheizm yayılarak, 744-840 yıllarında Sincan’da devlet dini olarak benimsendi. Uygurlar’ın Maniheizmi devlet dini kabul etmeleri hakkında, Çukurova Üniversitesi Hukuk Fakültesi Dergisi’nde (C. 1, S. 1 Kasım 2014) Aybars Pamir’in “The Religion of Maniheism and Its Effects upon the Ancient Middle Asia Turkish Law (Maniheizm Dini ve Bu Dinin Eski Orta Asya Türk Hukuku’na Etkileri)” başlıklı makalesi değerli bir kaynaktır.

İslâm dini, Araplar’la yapılan 751 Talas Savaşı öncesinde Talas bölgesine ve Sincan’a girmiştir. Karahanlılar Devleti (840-1212)’nin kurulması ile birlikte İslâm’ın yayılması hız kazanmıştır. Kaynaklar Satuk Buğra Han’ın İslâm’a olan bağlılığının, Karahanlılar’ın İslâmî topluma dönüşmesinde önemli rol oynadığını belirtir. Yine Buhara’dan gelen Sufiler de İslâm’ın yayılmasında ciddî katkılar yapmışlardır. İslâm, Kaşgar ve Sincan’ın güney batısındaki Hoton ve civarında yoğunlaşmıştı. Fakat Sincan’da İslâm’ın bir devlet dini olarak kurumsallaşması kuvvetle muhtemel Yusuf Kadir Han (1026-1032) yönetiminde gerçekleşmiştir. Konuyla ilgili Merkezi Asya – Kafkasya Enstitüsü’nün 2004 yılında M. E. Sharpe Yayınları’ndan çıkan ve Editörlüğünü Frederick Starr’ın yaptığı “Xinjiang: China Muslim Borderland (Sincan: Çin Müslüman Sınırı)” başlıklı kitap okunmaya değer niteliktedir.

Asya’da Büyük Moğol fetihlerinden sonra, Sincan, Çağatay Hanlığı (1227-1370)’nın otoritesi altındaydı. Moğol ileri gelenleri ve Müslümanlar arasındaki iyi ilişkilere rağmen, Sincan’da bu dönemde İslâm ciddî bir yayılma gösteremedi. Çağatay Hanlığı 14. yüzyılın ortalarından itibaren dağılmaya başlayınca, Sincan’ın İslâm’ın güçlü olduğu Tarım ve Turfan bölgeleri 17. yüzyılın sonlarına kadar Kaşgar’da bulunan Türk Duğlat Devleti’nin koruması altında kaldı. Diğer taraftan bu süreçte Sincan’ın, Çin’deki Ming (1368-1644) yönetimi ile ilişkileri saygı çerçevesindeydi. Buna ek olarak Sincan’da muhtemel Timuriler’in etkisinden dolayı Çin kültüründen ziyade, Pers ve Türk kültürü gelişiyordu.

17. Yüzyıldan itibaren Sincan’da; Uygurlar, Moğollar, Tibetliler ve Çin-Mançu gibi çeşitli etnik gruplar birbirleriyle egemenlik mücadelesine girdiler. Çağatay Hanedanlığı’nın otoritesinin iyice zayıflaması üzerine, 17. yüzyıl başlarında Semerkand’da Nakşibendilik’ten doğan Khwadja (Hodja-Hoca) / Khwadjagan (Hodjagan-Hocagan) Ailesi (Silsile El-Khwadjagan) tarafından Sincan ve civarı Müslümanlaştırılmaya başlandı. Ancak Khwadja (Hodja-Hoca) Ailesi, 16 yüzyılın ikinci yarısında kendi içerisinde siyasî çekişmelere sahne olmuştu. Yarkand merkezli olmak üzere başlayan siyasî çekişmeler sonucunda Aile, “Ak Dağlılar” ve “Kara Dağlılar” olmak üzere ikiye bölündü. Bu iki Aile Çin kaynaklarında da “Beyaz Baş Hui” ve “Kara Baş Hui” şeklinde kaydedilmektedir. Khwadja (Hodja-Hoca) Nakşibendiliği hakkında 2017’de University of California Press’ten yayınlanan, Editörlüğünü Nile Green’in yaptığı “Afghanistan’s Islam (Afganistan’ın İslâmı)” isimli kitap içerisindeki Jürgen Paul’a ait “The Rise of the Khwajagan-Naqshbandiyya Sufi Order in Timurid Herat (Timurî Herat’ta Khwajan-Hoca Nakşibendilik Tasavvuf Düzeninin Yükselişi)” başlıklı makale bizlere önemli bilgiler sunuyor.

1678’de Dzungharia (Zungaria)’daki Kalmuk Moğolları”nın yardımıyla Ak Dağlık Hoca Hadrat Apak, rakiplerini yenerek Kaşkar’da birliği sağladı. Neticede Hoca Hadrat Apak, Kaşgar’da İslâmî bir teokratik devlet kurmayı başarmıştı. Bu devletin kurulması ise, Çin-Mançu otoritesine meydan okumak anlamına gelmekteydi. Böylelikle 18. Ve 19. yüzyıllar boyunca iki güç arasında çatışmalar görüldü.