Rusya’ya mesafeli duran Yakup Bey, sınır anlaşmazlıklarının iki taraf arasındaki tansiyonu yükselttiğini gördü. Rusya ile uzlaşmazlığın tehlikesini erken fark eden Yakup Bey, Rusya’nın Kaşgar’da konsolosluk açmasına ve ticaret haklarının genişletilmesini sağladı. Böylece Yakup Bey, İngiltere ve Rusya arasında denge politikasına yönelmiş oldu. Rusya’nın gücünün bir diğer göstergesi de, Yakup Bey’in 1870’de Urumçi’yi ele geçirmesine cevap olarak Çar ordusunun Ili bölgesini işgal etmesiydi.

Yakup Bey, Çin ve Rusya arasında politika geliştirmeye çalışırken Osmanlı Devleti ile de temaslar kuruyordu. İlişkilerin geliştirilmesi için Yakup Bey, 1873’te hem yeğeni hem de Kaşgar Valisi olan Seyyid Yakup Han Tora’yı İstanbul’a gönderdi. Seyyid Yakup Han Tora dönüşünde, Osmanlı Sultanı Emir El-Mü’minin’den Yakup Bey’e “Sadık Komutan Yakup Bey” başlıklı bir belge getirdi. Böylece Yakup Bey’in Osmanlı ile ilişkileri gelişme kaydetmişti.

Forsyth’ye göre, Osmanlı’dan Yakup Bey’e silâhlar ve subaylar gönderildi. Uzak mesafeden gelen bu destek ahlâkî ve prestijli bir yardımdı. Çünkü Osmanlı Padişahı aynı zamanda Halife ünvanını kullanarak Müslüman dünyasının liderliğini de yapıyordu.

Piyasada Malla Han’ın (1858-1862) adına “Başkent Hokand” yazılı madenî paralar dolaşmaktaydı. Yakup Bey de, 1867 ve 1873 yılları arasında üzerlerinde “Başkent Kaşgar” yazılı madenî paraları piyasa sürmüştü. Aynı zamanda Yakup Bey’in paraları “Osmanlı Sultanı Abdülaziz”in adını da taşıyordu. Diğer taraftan Yakup Bey’in para bastırması, bir çeşit egemenlik göstergesiydi. Paralarda Sultan Abdülaziz’in adının yazılı olması da, Yakup Bey ve Osmanlı’nın birbirlerine olan ilgisini ortaya koyduğu söylenebilir.

Yakup Bey 1877’de Çin Generali Tso Tsungt’a karşı Urumçi’nin yakınında iki savaş yaptı. Aynı yılın Mayıs ayında Korlo’da askerlerinin geri kalanını Yarkand’a çekerken, Yakup Bey muhtemelen felç sebebiyle öldü.

Kansu’daki Hui (Çince konuşan) Müslümanları’nın ayaklanmasını bastırmakla görevli olan General Tso Tsungt’ın, isyandan 3 yıl önce Müslümanlar ve Hui’ler hakkında çeşitli kaynaklardan okumalar yaptığı bildiriliyor. Böylece Tso Tsungt’ın, Yakup Bey’in Yedi Şehir arasında sağladığı Müslüman birliğini katalitik etki ile düşmanın reaksiyonunu yavaş yavaş azaltmıştır.

Yakup Bey’in 1877’deki isyanının bastırılmasından 6 yıl sonra, 18 Kasım 1884’de, Çin-Mançu yönetimi bölgeyi, Çin eyalet idare sistemine dahil ederek bölgenin ismini “Hsin-Chiang” olarak belirledi. Böylece Doğu Türkistan resmen Çin’in 19. eyaleti oldu. Çin’in Doğu Türkistan’ı işgali ve kendisine bağlamasıyla, 1878 ve 1944 yıllarını kapsayan “İkinci Çin İstilâsı Dönemi” başladı.

Çin’in milliyetçi cumhuriyet (1911-1949) döneminde, Sincan’daki kaotik ortam devam etti. Çin yönetimi her zaman Doğu Türkistan Müslümanlar’ı tarafından yabancı bir güç şeklinde kabul edildi. Müslüman Türkler arasındaki milliyetçilik, Yakup Bey’in Emirliği’nin yıkılmasından itibaren güçlenerek büyüdü ve sonuçta ayrılıkçı hareketler ortaya çıktı.

Doğu Türkistan merkezli isyanlar, İkinci Çin İstilâsı Dönemi’nde de görüldü. Bunlar sırasıyla 1912’de Kumul’da başlayan Tömül Helpe (Timur Halife) liderliğindeki isyan, 1931’de yine Kumul’da Hoca Niyaz isyanı, Ocak 1933’te Turfan’da Mahmut Muhiti isyanı, Şubat 1933’te Hoton’da Mehmet Emin Buğra isyanıdır. 1912 ve 1933 yılları arasındaki isyanlar neticesinde, Kaşgar’da 12 Kasım 1933 Sabit Damolla başkanlığında “Şarkî Türkistan İslâm Cumuriyeti” adıyla bir devlet kurulmuştur. Ancak Ruslar, sınırlarında yeni kurulan böyle bir devletten hoşnut değillerdir. Ruslar’ın desteğiyle 12 Nisan 1933’te Urumçi’de hükümetin başına getirilen Çinli Albay Şın Şi Sey, Kaşgar’daki yeni kurulan Şarkî Türkistan İslâm Cumhuriyeti’ni ortadan kaldırmada başarılı olmuştur. Sonrasında Hoca Niyaz, Urumçi’deki Şın Şi Sey hükümetinin başkan yardımcılığına getirilir. Bir müddet sonra hapsedilir ve daha sonra boğdurularak öldürülmüştür. Konuyla ilgili Michael E. Clarke’ın 2011’de Routledge Yayınları’ndan çıkan “Xinjiang and China’s Rise in Central Asia – A History (Sincan ve Çin’in Orta Asya’daki Yükselişi – Bir Tarih” isimli kitabı önemli bir kaynaktır.

Şarkî Türkistan İslâm Cumhuriyeti’nin yıkılması ile devam eden isyanlar ise, 1940’lı yıllarda Altay’da başlayan ve 10 yıl süren Osman Batur isyanıdır. Uygur ve Kazaklar’ın başını çektiği isyanın uzun sürmesinin sebebi, gayrimüslimlerin de isyana destek vermeleridir. 1944’te patlak veren isyan, Fatih Müslim ve Alihan Töre öncülüğündeki “Şarkî Türkistan Cumhuriyeti”nin kurulması ile sonuçlanan Nılkı ve Gula isyanlarıdır.

Şarki Türkistan Cumhuriyeti’nin 5 Ocak 1945 tarihli bildirgesine göre, Cumhuriyet’in amacı “Dinî hürriyete sahip, çok uluslu demokratik bir devlet kurmaktır.” Yeni kurulan devletin resmî dininin İslâm olarak kabul edilmemesinde, isyana gayri müslimlerin de destek vermesi muhtemeldir. Bu devlete 1945’te Altay ve Tarbagatay vilayetleri de katılmıştır. Şarkî Türkistan Cumhuriyeti, varlığını 3 yıl sürdürdü.

Şarkî Türkistan Cumhuriyeti 1949 yılının ikinci yarısında, Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği (SSCB) başkanı Stalin ve Çin devleti başkanı Mao ile düzenlenen “Üçüncü Çin İstilâsı”yla yıkılmıştır. Şarkî Türkistan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Ahmet Can Kasımî ve devletin ileri gelenleri, Pekin’de yargılanmak için bir Rus uçağına bindirilirler. Ancak uçak Pekin’e değil, Alma-Ata semalarında kaza süsü verilerek düşürülür. Böylece Doğu Türkistan dâvâsı, Komünizmin acımasız yüzü ile tanışmıştır. Diğer taraftan Cumhuriyet’in kurulmasını sağlayan milliyetçi ideoloji, bölgede varlığını halen devam ettirmektedir.