Bütün hayatı sürgün, hapishane, tecritler arasında geçmesine rağmen eziyet edenlere beddua etmemesi, cefa çektirenlere hakkını helal etmesi onun nasıl bir şefkate sahip olduğunun göstergesidir. 

Şefkat timsali Üstad’ın gösterdiği sabır ve müspet hareketin neticesi ise, unutulup gitsin diye sürüldüğü Barla nahiyesi, ölüsü çıkar ümidiyle gönderildiği Denizli hapishanesi ve gönderildiği her yer nur bahçesine dönüşmüş, oralarda atılan nur tohumları bugün çiçek açmış, meyve vermektedir. 

Öyle tarassutlar olmuş ki, hapsedilmeyi dışarıda olmaya tercih etmiş, buna rağmen talebelerine; “Benim şahsıma edilen eziyet ve ihanetlerden müteessir olmayınız. Çünkü Risale-i Nur’da bir kusur bulamıyorlar, onun bedeline benim ehemmiyetsiz ve çok kusurlu şahsımla uğraşıyorlar. Ben bundan memnunum.” (14. Şua) 

“Risale-i Nur’u tenkit fikriyle tetkik eden adliye memurları, imanlarını onunla kuvvetlendirip veya kurtarsalar, sonra beni idam ile mahkûm etseler; şahit olunuz, ben hakkımı onlara helâl ediyorum.” 

“Vazifemiz, sabır içinde şükretmek ve mümkün oldukça Nurlarla meşgul olmaktır,” (Tarihçe-i Hayat) dermiştir. 

Bazı ifsat komitelerinin, fedakar kardeşlerini Üstad Hazretlerinden soğutma ve nazarlarını başka tarafa çevirmeye çalışma planları karşısında; “İnşâallah demir gibi metin Nurcuların kahramanane sebatları ve tahammülleri ve mücahid-i ekber olan Nur’un hakikatleri onun elinde birer elmas kılıç bulunan şakirdlerin şahs-ı manevîsinin pek hârika fedakârlığı, onların bu planını da akîm bırakacak,” (Tarihçe-i Hayat) demiş ve öyle de olmuştur. 

Sıkıntı ve meyusiyete düşen talebelerine; “Birbirine teselli ve ferah vermek ve kuvve-i maneviyesini takviye etmek ve fedakâr hakiki kardeş gibi birbirinin gam ve hüzün ve sıkıntılarına merhem sürmek ve tam şefkatle kederli kalbini okşamaktır,” tavsiyesi ile birlikte şöyle dua etmiştir: 

“Bizi muhafaza eyle, bizi cin ve insî şeytanların şerrinden kurtar, kardeşlerimin kalplerini birbirine tam sadakat ve muhabbet ve uhuvvet ve şefkatle doldur.” (Tarihçe-i Hayat) 

Has kardeşleri birbirine karşı evhamlandırıp, hizmet-i Nuriyeden vazgeçirmek planlarına karşı; “Sakın sakın! Şimdiye kadar mabeyninizdeki fedakârane uhuvvet ve samimane muhabbet sarsılmasın.”(Tarihçe-i Hayat) 

Risale-i Nur’da kusur bulamayıp, bu defa Üstad Hazretlerinde kusur aramaya çalışan ehl-i tenkide karşı; “Bizler, kusurumuzu görene ve bize bildirene –fakat hakikat olmak şartıyla– minnettar oluyoruz, Allah razı olsun deriz” (Emirdağ Lâhikası)  

Risale-i Nur şakirdlerinin tesanüdlerine zarar vermek için birbirinin hakkında sû-i zan ettirmek planına karşı; “Dikkat ediniz, gözünüzle görseniz dahi perdeyi yırtmayınız. Fenalığa karşı iyilikle mukabele ediniz. Fakat çok ihtiyat ediniz, sır vermeyiniz.” (Emirdağ Lahikası) 

Hatta talebeler arasında geçen münakaşayı kalben hissedip müteessir olan Üstadımız, bu durum karşısında; “Risale-i Nur’un İhlas Lem’alarında denildiği gibi şimdi ehl-i iman, değil Müslüman kardeşleriyle belki Hristiyan’ın dindar ruhanîleriyle ittifak etmek ve medar-ı ihtilaf meseleleri nazara almamak, nizâ etmemek gerektir. Çünkü küfr-ü mutlak hücum ediyor,” (Emirdağ Lâhikası) ifadeleri ile bizlere de her musibette müsbet hareket etmemizin dersini veriyor. 

Talebelerine verdiği son derste noktayı koyuyor: “Bizim vazifemiz müsbet hareket etmektir. Menfi hareket değildir. Rıza-yı İlahîye göre sırf hizmet-i imaniyeyi yapmaktır, vazife-i İlahiyeye karışmamaktır. Bizler asayişi muhafazayı netice veren müsbet iman hizmeti içinde her bir sıkıntıya karşı sabırla, şükürle mükellefiz.” 

(Emirdağ Lahikası)