Ankara Hükümeti’nden 150.000 Banknotluk bir ödenek çıkartabilmiş, fakat yine de medresesini faaliyete geçirememiştir. Şuâlar adındaki eserinde iki defa şifre ile Van vilâyetinin eski valisi ve dostu Tahsin Bey’in vasıtasıyla, İstanbul’da İngiliz işgaline karşı neşrettiği Hutuvât-ı Sitte’ye mükâfaten, taltif için Ankara’ya çağrıldığını, böylece Ankara’ya gittiğini anlatarak şöyle devam eder: “Ben Beşinci Şuâ aslının verdiği haberin bir kısmını, orada bir adamda gördüm. Mecburiyetle o çok ehemmiyetli vazifeleri bıraktım. …dünyayı ve siyaseti ve hayat-ı içtimaiyeyi terk edip yalnız imanı kurtarmak yolunda vaktimi sarf ettim”. 

Said Nursî birkaç kez Medresetüzzehra hayalini tehir etmek zorunda kalmıştır. Cumhuriyet Döneminde Tevhid-i Tedrisat Kanunu ile medreseler kapatılmış, tamamen seküler ve dinden uzak bir eğitim sistemi hayata geçirilmiştir. Osmanlı’da başlayan süreç Cumhuriyet Döneminde dinin ve din ilimlerinin tam bir izolasyonuna dönüşmüştür. Bediüzzaman 1922’li yıllara kadar heyecanla devam ettirdiği siyasî ve sosyal faaliyetlerini terk etmek durumunda kalmış; kader-i İlâhinin sevkiyle, Hükümetçe Isparta’da zorunlu ikamete gönderilmesiyle tek bir konuya, “imanî meselelerin tahkiki bir surette açıklanması”na yoğunlaşmıştır.

İmanî meselelerin tahkiki surette açıklanması ve yüreklerde yaygın şekilde yer bulması Medresetüzzehranın büyük hedeflerinin temelini oluşturur. Bu hedeflerin gerçekleştirilmesi, öncelikle, ümmetin temel imanî meselelerinin halledilmiş olmasına bağlıdır. Medresetüzzehranın teorik altyapısını hazırlayacak, uygulanabilir eğitim ve öğretim yöntemlerinin ve prensiplerin üretilmesi  gereklidir. İşte Risale-i Nur’un yazılması, kader-i İlâhinin bir remzi olarak bunu ifade eder. Üniversitelerin olmazsa olmazları olan ve kuruluş maksatlarını ifade eden manifestoları vardır. Risale-i Nur mektebinin ve Medresetüzzehra üniversitesinin iskelet yapısı “iman hakikatleri” üzerine müessestir. Sair konular Tevhid konusu merkezde kalacak şekilde değerlendirilir.

Bediüzzaman, Cumhuriyet Devrinde tehcire, hapis ve sürgünlere maruz kalmış; ancak 1945 sonrasında üzerindeki baskıların nispeten azalmasıyla, medrese sevdasını tekrar dile getirmeye başlamıştır. Maarif Vekili Tevfik İleri’nin gündeme getirmesiyle alevlenen Şark Üniversitesi fikri Medresetüzzehra manasındaki formuyla gerçekleşmemiş, en büyük hayali, ölümünden sonra talebelerine mühim bir vasiyet olarak kalmıştır. 

İlk iptidaî şekli Van Kalesi’nin altındaki Horhor Medresesi’nde ortaya çıkan Medresetüzzehra’nın bir türlü gerçekleşmeyişinde kader-i İlâhinin bir işareti olmalıdır. Said Nursî’nin Medresetüzzehra’ya yüklediği yüksek manalar ve âli hedefler ile bölgesel bir dar’ül fünundan ortaya çıkacak sonuçlar arasında kıyas kabul etmez bir fark vardır. Medresetüzzehra, klâsik bir fakülteden daha çok; ümmet boyutunda bir tecdit ve şura bilinci oluşturmaya yönelik evrensel bir tartışma ortamına işaret etmektedir. İslâm Dünyasında biri dışlanan diğeri merkezi otoritenin kontrolüne giren ve donuklaşan iki kanadın tekrar işlevlerini kazanmaları; merkezinde Kelam olan İslâmî ilimler ile modern bilimlerin buluşup hakikatin ortaya çıkarılması Medresetüzzehranın ana fikridir.

Bu fikrin maddî tahakkukunu hayatında göremeyen Bediüzzaman, Risale-i Nur Talebelerini “Medresetüzzehra’nın şakirtleri olarak” olarak isimlendirmektedir. Bu durum, Nursî’nin Medresetüzzehra’ya yüklediği mana ve formun; gençlik yıllarında ona yüklediğinden çok daha farklı bir şekle büründüğünü gösterir. Mevcut kurumsal yapının ümmet odaklı bir projeksiyona dönüşmesi; üniversitenin bölgesel bir kurgudan kurtulup evrensel hedeflere yönelen bir şekle dönüşmesini ifade eder.

Bediüzzaman’ın bölgesel bir ulema formatından sıyrılıp ümmete yön verecek bir müceddit haline gelişi; Medresetüzzehra fikrindeki dönüşümle ve kaderin bir cilvesi olarak bu fikrin defalarca tehiriyle eşzamanlıdır. 

Nursî’nin, Medresetüzzehrayı teorik olarak şöyle tarif ettiği görülür: “İslâmiyet hariçte temessül etse, bir menzili mektep, bir hücresi medrese, bir köşesi zaviye, salonu dahi mecmaü’l-küll (hepsinin toplandığı yer), biri diğerinin noksanını tekmil için bir meclis-i şûrâ olarak, bir kasr-ı meşîd-i nuranî timsalinde arz-ı dîdar edecektir. Ayna kendince güneşi temsil ettiği gibi, şu Medresetü’z-Zehrâ dahi o kasr-ı İlâhîyi haricen temsil edecektir.” Yani Medresetüzzehra, mana olarak bütün İslâmî meselelerin konuşulduğu büyük bir akademya ve İttihad-ı İslâmın rükünlerini ortaya çıkaracak bir şûrâ, ışık saçan ve temelleri sağlam bir saray olarak tezahür etmelidir. Nursî’nin Med- resetüzzehra’ya çizdiği resim, bir üniversiteden çok daha fazla şeylere işaret etmektedir.