Ankara Hükümeti’nden 150.000 Banknotluk bir ödenek çıkartabilmiş, fakat yine de medresesini faaliyete geçirememiştir.  Şuâlar adındaki eserinde iki defa şifre ile Van vilâyetinin eski valisi ve dostu Tahsin Bey’in vasıtasıyla, İstanbul’da İngiliz işgaline karşı neşrettiği Hutuvât-ı Sitte’ye mükâfaten, taltif için Ankara’ya çağrıldığını, böylece Ankara’ya gittiğini anlatarak şöyle devam eder: “Ben Beşinci Şuâ aslının verdiği haberin bir kısmını, orada bir adamda gördüm. Mecburiyetle o çok ehemmiyetli vazifeleri bıraktım...  dünyayı ve siyaseti ve hayat-ı içtimaiyeyi terk edip yalnız imanı kurtarmak yolunda vaktimi sarf ettim”. 

Said Nursî birkaç kez Medreset’üz Zehra hayalini tehir etmek zorunda kalmıştır. Cumhuriyet Döneminde Tevhid-i Tedrisat Kanunu ile medreseler kapatılmış, tamamen seküler ve dinden uzak bir eğitim sistemi hayata geçirilmiştir. Osmanlı’da başlayan süreç Cumhuriyet Döneminde dinin ve din ilimlerinin tam bir izolasyonuna dönüş- müştür. Bediüzzaman 1922’li yıllara kadar heyecanla devam ettirdiği siyasî ve sosyal faaliyetlerini terk etmek durumunda kalmış; kader-i İlâhinin sevkiyle, Hükümetçe Isparta’da zorunlu ikamete gönderilmesiyle  tek bir konuya, “imanî meselelerin tahkiki bir surette açıklanması”na yoğunlaşmıştır.

İmanî meselelerin tahkiki surette açık- lanması ve yüreklerde yaygın şekilde yer bulması Medreset’üz Zehra’nın büyük he-deflerinin temelini oluşturur. Bu hedeflerin gerçekleştirilmesi, öncelikle, ümmetin temel imanî meselelerinin halledilmiş olmasına bağlıdır. Medreset’üz Zehra’nın teorik alt- yapısını hazırlayacak, uygulanabilir eğitim ve öğretim yöntemlerinin ve prensiplerin üretilmesi  gereklidir. İşte Risale-i Nur’un yazılması, kader-i İlâhinin bir remzi olarak bunu ifade eder. Üniversitelerin olmazsa olmazları olan ve kuruluş maksatlarını ifade eden manifestoları vardır. Risale-i Nur mektebinin ve Medreset’üz Zehra üniversitesinin iskelet yapısı “iman hakikatleri” üzerine müessestir. Sair konular Tevhid konusu merkezde kalacak şekilde değerlendirilir.

Bediüzzaman, Cumhuriyet Devrinde tehcire, hapis ve sürgünlere maruz kalmış; ancak 1945 sonrasında üzerindeki baskıların nispeten azalmasıyla, medrese sevdasını tekrar dile getirmeye başlamıştır. Maarif Vekili Tevfik İleri’nin gündeme getirmesiyle alevlenen Şark Üniversitesi fikri Medresetüz Zehra manasındaki formuyla gerçekleşmemiş, en büyük hayali, ölü-münden sonra talebelerine mühim bir vasiyet olarak kalmıştır. 

İlk iptidaî şekli Van Kalesi’nin altındaki Horhor Medresesi’nde ortaya çıkan Medre- set’üz Zehra’nın bir türlü gerçekleşmeyişinde kader-i İlâhinin bir işareti olmalıdır. Said Nursî’nin Medreset’üz Zehra’ya yüklediği yüksek mânâlar ve âli hedefler ile bölgesel bir dar’ül fünundan ortaya çıkacak sonuçlar arasında kıyas kabul etmez bir fark vardır. Medreset’üz Zehra, klâsik bir fakülteden daha çok; ümmet boyutunda bir tecdit ve şûrâ bilin- ci oluşturmaya yönelik evrensel bir tartışma ortamına işaret etmektedir. İslâm Dünya- sında biri dışlanan diğeri merkezi otoritenin kontrolüne giren ve donuklaşan iki kanadın tekrar işlevlerini kazanmaları; merkezinde Kelâm olan İslâmî ilimler ile modern bilimlerin buluşup hakikatin ortaya çıkarılması Medreset’üz Zehra’nın ana fikridir.

Bu fikrin maddî tahakkukunu hayatında göremeyen Bediüzzaman, Risale-i Nur Talebelerini “Medreset’üz Zehra’nın şakirt- leri olarak” olarak isimlendirmektedir. Bu durum, Nursî’nin Medreset’üz Zehra’ya yüklediği mânâ ve formun; gençlik yıllarında ona yüklediğinden çok daha farklı bir şekle büründüğünü gösterir. Mevcut kurumsal yapının ümmet odaklı bir projeksiyona dönüşmesi; üniversitenin bölgesel bir kurgudan kurtulup evrensel hedeflere yönelen bir şekle dönüşmesini ifade eder.