Yenikapı'daki Marmaray metro kazıları sırasında 2006 yılında Theodosius Limanı bulunmuş ve 36 batık arkeolojik yöntemlerle kaldırılmıştı. Arkeologlar o tarihten itibaren limanın mendireği üzerine bilimsel tartışmalar yapmış ancak mendireğin yeri tespit edilememişti.

İstanbul Boğaz Tüp Geçit Tüneli projesi kapsamında Aksaray-Yenikapı'da kavşak çalışmaları sırasında karada ahşap kalıplar halinde duvar yapısı tespit edildi.

​Hürriyet'ten Ömer Erbil'in haberine göre, İstanbul Arkeoloji Müzesi tarafından yapılan kazılarda duvarın Theodosius Limanı mendireği olduğu ortaya çıkarıldı. Theodosius Limanı'nın MS 5. yüzyılda yapıldığı sanılıyor. Marmara Denizi'nin hâkim rüzgârı olan poyraza karşı korunaklı olan bu liman, Bizans döneminde sur içindeki yegâne akarsu olan Bayrampaşa Deresi (Lykos) ağzında kuruluydu. Limana ait mendireğin 1500 yıllık olduğu tahmin ediliyor.

BİLİMSELLİK KRİTERİNE UYULMADI

Antik kaynaklarda tarih öncesi dönem mendireklerinin, karada hazırlanan ahşap sandıkların içleri harç ve taşla doldurularak denize indirildiği belirtiliyor. Oldukça pahalı olan bu sistemin imparatorların desteği ile yapıldığı biliniyor. Ancak dünyada bu teknikle yapılmış tek bir örnek günümüze ulaşmadı. İlk defa Yenikapı'da sapasağlam bir mendirek tüm ayrıntıları ile bulundu. Ancak eşsiz kültür varlığının İstanbul 2 Numaralı Yenileme Alanları Koruma Kurulu'nun kararıyla kaldırılmasına karar verildi.

Kararda şöyle denildi:

"Kültür varlığı ahşap kalıplı sandık duvar tekniğinde yapılmış duvarın tekrar sergilenmek kaydıyla bilimsel yöntemlerle sökülerek kaldırılmasında sakınca olmadığına, konunun uzman konservatörlerinin denetiminde gerçekleştirilmesine, sökümü gerçekleştirilen ahşaplar bozulma sürecine girmeden su tanklarına, havuzlara yerleştirilmesine, sökülen çivilerin konservasyonları yapılarak saklanmasına, duvarın 5 metrelik bölümünün sergilenmek üzere koruma altına alınmasına, kazı çalışmalarında çıkan mendirek kalıntılarının kentsel tasarım projesine işlenerek kurulumuza iletilmesine karar verildi."