Bediüzzaman bu üniversiteyi dinamik, seyyal ve sivil bir temel üzerine inşa etti, ama kurumsal anlamda bir üniversite projesinin de peşini bırakmadı. 

Ve CHP diktatörlüğü 1950’de yıkılıp DP’nin iktidara gelmesinden sonra Reis-i Cumhur Bayar’la Başvekil Menderes’e yazdığı mektuplar ve gazetelere gönderdiği açıklamalarla, yeni hükümetin doğuda üniversite kurma girişimlerini destekledi. 

Kürtleri de kucaklamasını istediği bu üniversitenin ayrıca İran, Arap âlemi, Hint Yarımadası, Kafkasya ve Türkistan’ı içine alacak geniş bir coğrafyaya, uluslararası boyutta hizmet vermesini önerdi. 

Bu üniversitede verilecek eğitimin temel prensibini “dinî ilimlerle pozitif bilimleri kaynaştırmak” olarak tesbit ederken, ırkçılık fitnesine karşı İslâm kardeşliğine vurgu yapılmasını istedi. 

Onun geçen asrın başında “Bizim düşmanımız cehalet, zaruret, ihtilâftır. Bu üç düşmana karşı sanat, marifet, ittifak silâhıyla cihad edeceğiz” sözüyle dile getirdiği orijinal yaklaşım çerçevesinde geliştirdiği Medresetüzzehra projesi, bugün hâlâ kıyısına dahi yaklaşılamamış son derece engin bir ufuk ve vizyonun somut ifadesiydi. 

Asırlık gecikmesi Türkiye’ye de, İslâm âlemine de, bütün dünyaya da çok pahalıya mal olan bu çok önemli ve özgün proje hâlâ doğru bir şekilde anlaşılmayı ve samimiyetle uygulanmayı bekliyor.

Onun 1910’lu yıllarda başlangıç olarak Bitlis, Van ve Diyarbakır’da kurulmasını istediği, hattâ Birinci Dünya Savaşı patlak vermeden önce Van Gölü kıyısında temelini attığı proje, yine onun düşündüğü temel ilkeler çerçevesinde hayata geçirilebilmiş olsaydı neler olurdu veya tersinden sorarsak neler olmazdı?